El edificio fue construido hacia 1750. Su primer propietario fue Miguel de Mora, prestigioso hacendado; más adelante lo ocupó el bachiller Felipe Liñán y Mejía, párroco y juez eclesiástico de Tepic. Después lo adquirió la empresa comercial y bancaria de Maximiliano Delius, quien era además cónsul de Alemania, y como tal se mantuvo del decenio de 1870 a 1930. En 1933, el gobierno del estado compró la casona e instaló en ella la Escuela Primaria “Fernando Montaño” hasta 1938, cuando se montaron oficinas administrativas.


El 29 de julio de 1949, en el ala norte de la planta baja empezó a funcionar el Museo Regional de Antropología e Historia de Nayarit, a iniciativa del arqueólogo José Corona Núñez, quien llevó a cabo importantes trabajos de rescate en la Zona Arqueológica de Ixtlán del Río, la primera abierta al público en el Occidente de México, y quien reunió una significativa colección, a la que se sumaron piezas de otras regiones del estado. Restaurado el edificio y con nueva y más amplia museografía, el 23 de mayo de 1969 fue reinaugurado el Museo Regional de Nayarit, instalado ya en la totalidad del inmueble.


Entre 2011 y 2012 recibió una nueva remodelación, actualización y enriquecimiento con información y piezas de investigaciones de los últimos años, para mostrar un amplio panorama arqueológico de los pueblos prehispánicos asentados en lo que hoy es Nayarit, desde la Tradición Cultural Concheros y pasando por la Tradición Tumbas de Tiro, con variantes locales como la de los Entierros en Fosa, del periodo Clásico (200-900), además de incorporar otras expresiones funerarias de las inmediaciones del Río Mololoa y del Valle de Matatipac –asiento de la actual Tepic–, así como la llamada Urnas Mololoa y la Tradición Cultural Aztatlán, del periodo Posclásico (850/900-1350), exhibición que continúa hasta el momento de contacto y conquista españoles.


La sede del museo está catalogada como monumento histórico, y es tanto más valiosa por cuanto que en la ciudad las muestras de arquitectura del siglo XVIII son escasas. El edificio conserva su planta original, un airoso patio con arcos en sus dos plantas, una bella fuente al centro, y un espléndido portón barroco, junto al cual se montó en 1949 el antiguo y original escudo de los Condes de Miravalle, traído de la hacienda homónima para resguardarlo. El mismo edificio exhibe finas obras originales de carpintería y herrería.