El rey Carlos V cedió este terreno en 1529 para la construcción de las casas consistoriales, pero la construcción empezó hasta 1576, la construcción era de estilo gótico, con una fachada recubierta con cantera, con un portal y 27 arcos apoyados en pilares. En 1728 se añadieron barandales dorados en los balcones. Los sismos dañaron gravemente el inmueble y, en 1739, el corregidor Nicolás de Lafora lo mandó demoler. En 1832, el ingeniero Francisco Heredia diseñó los planos del nuevo edificio, el cual fue terminado en 1877.

En 1936 se realizó una restauración y en 1950 fue reinaugurado. En 1979, Arturo García Bustos pintó un mural frente a la escalera principal, donde representó la historia de Oaxaca.