Ubicado donde antes se encontraba San Benito, la primera defensa formal levantada en el puerto, mandada hacer en 1610 por el gobernador de la provincia, Carlos de Luna y Arellano. Tras el ataque inglés de 1678, se planificó reforzar la fortaleza, demolida en 1703. El baluarte de San Carlos formó parte del sistema defensivo del puerto de Campeche. A finales del siglo XIX se convirtió en alojamiento de tropas.