En 1724 y 1726 se consideró la necesidad de establecer un convento de agustinos de la provincia de San Nicolás de Tolentino de Michoacán y fue el 8 de febrero de 1728 que se concedió la licencia de su fundación. Para la edificación del convento se compró y adaptó la residencia del capitán Juan Fernández de los Ríos. El 28 de noviembre del mismo año se dedicó la capilla-oratorio y se abrió al público. El convento se inauguró hasta el 2 de octubre de 1743 y su portería se ubicó donde ahora está el ingreso al Museo de Arte. La fachada actual de aspecto decimonónico fue producto de una remodelación para albergar el Palacio Federal. El claustro barroco de dos plantas es el más espectacular de la Nueva España; cuatro arcos de medio punto recorren el perímetro de ambas plantas, cuenta con hermosas cornisas y pilares con hermes adosados (en los lados norte y sur se encuentran pegasos, leoncillos, elefantes y otras figuras zoomorfas), en las claves de los arcos hay unas veneras con los atributos de San Agustín (pluma y tintero, báculo, libro cerrado, libro abierto, corazón atravesado por dos flechas, birrete de doctor, mitra y sombrero cardenalicio) y otras con figuras del santoral de la orden, en las enjutas se presentan águilas agustinianas, los ejes verticales rematan con pináculos y las claves de los arcos lucen los rostros esculpidos de santos y santas de la orden. En el centro hay una fuente de cantera con dos figuras de soldados romanos. Fray Luis Martínez Lucio fue el autor intelectual del programa iconológico e iconográfico, y los ejecutores fueron el arquitecto Juan Manuel Villagómez junto con canteros, escultores y tallistas indios, mestizos y españoles.