El Ex Convento Franciscano de Santiago, desde el siglo XVI, era un enorme complejo religioso que desempeñó funciones vinculadas a la vida cotidiana de los habitantes de la ciudad y fue sede de la Provincia de San Pedro y San Pablo de Michoacán. A lo largo del siglo XVII el convento experimentó una intensa actividad constructiva y se convirtió en un conjunto religioso. Alcanzó una superficie total de aproximadamente 28,000 m², que lo transformó en una microciudad autosustentable y con actividades, hasta 1803, de formación de novicios y enseñanza de lectura y escritura a los niños pobres. Después de muchos avatares históricos y usos diversos, como cuartel en conflictos armados durante y después de las Guerras de Reforma, así como algunos usos civiles y comerciales, el 4 de diciembre de 1928 el inmueble se entregó al gobierno de la entidad para establecer un Museo de Arte Religioso Colonial y una Escuela de Artes y Oficios. En 1935, fue entregado a la Secretaría de Educación Pública. En noviembre de 1936 se hizo entrega formal del Museo Regional de Querétaro al señor Patiño, su primer director.