La época misional en Baja California tuvo sus inicios en el momento en que los jesuitas iniciaron sus labores en 1697; tras la expulsión de éstos, los franciscanos se encargaron de los trabajos de evangelización, y finalmente los dominicos laboraron hasta mediados del siglo XIX. La colección de la época de las misiones tiene en su haber fragmentos de cerámica china, restos de cera para calafatear las naves marinas, lo mismo que herramientas y prendas de vestir usadas por los grupos nativos al momento del contacto con los misioneros.