Conocida como la "Reina de las Misiones", esta es la más grande de las misiones y fue restaurada casi por completo a su diseño original en la década de 1930 por la WPA (Works Progress Administration). Las misiones españolas no eran iglesias, sino comunidades con la iglesia como centro de atención. La Misión San José captura un momento de transición en la historia, congelado en el tiempo.
Aquí puede explorar los cuarteles de las familias nativas, los cuarteles de los soldados, los arcos de piedra de lo que queda del convento histórico, el granero, el molino harinero y más.