Se localiza en la parte más alta de Atzompa. Su patio central posee una planta cuadrada (mide más 50 m por lado) y está nivelada de manera artificial. Los edificios que la delimitan (1, 2, 3 y 4) están orientados hacia los cuatro puntos cardinales. En la parte central se encuentra el adoratorio, una construcción ritual-ceremonial similar a los descubiertos en la plaza principal y el patio hundido de Monte Albán. Este adoratorio, también de planta cuadrada, tiene 13 m por lado y 1 m de altura, en medio es posible observar una subestructura en forma de cruz, probablemente una tumba inconclusa.

Edificio 1: Se localiza al norte de la Plaza A y consiste en una gran plataforma con una longitud este-oeste de 90 m y sur-norte de 60 m aproximadamente; su altura es de 11 m respecto al nivel de la plaza. Sobre esta base se desplanta una estructura en forma de L, en cuya cima se identifican un templo en el centro y diferentes elevaciones de otras estructuras arquitectónicas.

Edificio 2: Plataforma de planta rectangular ubicada al este, de 30 m de largo por 6 m de ancho aproximadamente, que tal vez fue el acceso directo hacia la Plaza. Cuenta con escalinatas en las fachadas este y oeste, y en la cima hay una gran plataforma en la que no se encontró ningún elemento arquitectónico, sólo restos de muros cajón.

Edificio 3: Ubicado al sur de la plaza, la planta de este edificio tiene forma de T invertida y mide 30 m de largo por 10 m de ancho. Las escalinatas, de unos 3 m de altura, se localizan en la cara norte. En la parte elevada se observan restos de un posible templo.

Edificio 4: Cierra el extremo oeste de la plaza, es de planta cuadrangular y tiene 6 m de altura. Las escalinatas se encuentran en la cara este y en él se observan dos etapas constructivas.

Sobresale el Edificio 6 o Edificio Funerario, ya que aquí se encontró una tumba con tres cámaras funerarias, una de ellas con pintura mural. Este espacio se encuentra cerrado al público por motivos de conservación.

Edificio 6 (Edificio Funerario): tiene forma cuadrangular, mide más de 20 m por lado y su altura promedio es de 6 m. En la cima se levantó un pequeño templo con piso de estuco del que sólo quedan los arranques de los muros de piedra, una banqueta y huellas de columnas. Al interior se encuentra un conjunto de tres cámaras funerarias desarrolladas verticalmente y comunicadas por una enorme escalinata de nueve peldaños. Su arquitectura es rica y variada debido a que presenta sistemas de techos abovedados y planos, jambas y dinteles; en una de las cámaras hay una exquisita pintura mural, donde destacan las formas geométricas —probablemente alegorías del juego de pelota— y el color rojo, relacionado con el inframundo.

Edificio 7: Se localiza al este de la plaza, aunque por el momento no ha sido excavado, por lo cual únicamente se aprecia como un montículo.

Edificio 8: Es una plataforma rectangular de doble fachada que delimita las Plazas B y C, por lo que se piensa que tuvo la función de restringir el acceso de un lugar a otro. En cada lado tiene largas escalinatas con anchas alfardas. En la parte superior de los extremos se aprecian cimientos de muros y pisos estucados, que pertenecieron tal vez a pequeños templos enfrentados.

Casa de los Altares: Es una residencia de alto estatus, al igual que la Casa de Oriente. Seguramente albergó a familias de alto rango. La Casa de los Altares consta de un patio hundido de planta cuadrada, rodeado por una banqueta, 18 habitaciones y tres pasillos a los que se accede por cuatro escalinatas ubicadas en cada uno de los lados; el acceso principal es lateral. La construcción fue hecha con piedra cortada y adobe, mezcla de cal y arena, estuco y aplicaciones de color rojo de origen mineral.

Es una plaza abierta que colinda con la Plaza B y mira hacia la parte sur de la gran capital, Monte Albán.

Área del horno: EI hallazgo de un horno hecho de adobe y piedra para la cocción de cerámica, y junto a éste una variedad de ollas de gran tamaño, muestra una las actividades exclusivas de los habitantes de esta residencia. El horno, cuyas troneras o rejas de cocción se encuentran intactas, es idéntico en forma y tamaño a los utilizados hasta hoy en Atzompa, lo que nos permite documentar la continuidad histórica de la producción de cerámica, pues al parecer ha sido una larga tradición familiar que se inició en la época prehispánica. Se presenta una recreación, dado que el hallazgo original se encuentra a 2.5 m de profundidad.

Residencias Este y Oeste: Se les considera el área de servicio de la Casa de Altares, pues además de ubicarse a un lado de ella, se encontraron evidencias de una intensa actividad doméstica; la arquitectura y los acabados son de menor calidad que los de la Gran Residencia. Se trata de espacios cuadrados alrededor de un pequeño patio central. La cantidad de ceniza y carbón encontrados  indican que estos lugares se usaron para la preparación de alimentos, seguramente para la casa principal.

Las Canteras: La región del Valle de Oaxaca posee grandes concentraciones de depósitos sedimentarios bajo la superficie. Esta situación fue aprovechada por los constructores para explotar los afloramientos de roca madre, es decir, del propio cerro. La roca que era extraída fue usada como materia prima para construir los núcleos o partes internas de los edificios, logrando así darles mayor soporte.

A diferencia de otras antiguas ciudades, en Monte Albán y Atzompa se disponía de afloramientos rocosos cercanos, por lo que pudieron agilizar la extracción y el traslado de la piedra al lugar donde sería usada, disminuyendo así el tiempo de construcción y el esfuerzo humano invertido. Todo el trabajo que implica la extracción, tallado y traslado de la piedra fue motivo de una organización especial en gremios controlados por el estado zapoteco.

Posee un patio hundido de planta cuadrangular, rodeado por cuatro plataformas con taludes (muros inclinados) y tableros (muros verticales) de gran calidad, sobre las que se desplantaban las habitaciones. Los muros de éstas estaban hechos con adobe y bloques de piedra cortada, recubiertos con una capa de estuco grueso. Cada uno de los lados de esta plataforma presenta una delicada y magistral cornisa (parte que sobresale del edificio en el punto superior) de piedra. En esta residencia se encontró lo que parece ser un temazcal, es decir, una pequeña construcción que servía como baño de vapor.

Se ubica al norte de la Casa de Oriente. Su planta tiene forma de T invertida y cuenta con escalinatas del lado sur limitadas por alfardas. En la parte superior existen restos de un posible templo.

El juego de pelota prehispánico fue uno de los elementos más significativos en la estructura urbana de los pueblos mesoamericanos. Relacionado directamente con el poder político y religioso, se practicaba con una pelota de hule que se golpeaba con distintas partes del cuerpo, excepto las manos.

De las seis canchas documentadas en el polígono de Monte Albán -el cual abarca los tres cerros de Atzompa, Monte Albán y el Gallo-, la de Atzompa es la más grande; tiene casi 45 m de largo por 22 m de ancho, su orientación es norte-sur y desde una perspectiva aérea presenta la característica forma de I latina. En las esquinas noreste y suroeste existen nichos en los que posiblemente colocaron esculturas de los dioses a quienes dedicaban las contiendas. Este juego de pelota es un espacio ritual aparentemente público, dado que las canchas más pequeñas de este sitio sugieren un uso privado.