La fundación de este sitio arqueológico se sitúa hacia 300, cuando se estableció un pequeño grupo de pescadores que construyó casas de madera con techos de palma sobre pequeñas plataformas de piedra. Las investigaciones realizadas permiten suponer que, siglos después, los habitantes se habrían dedicado fundamentalmente a las actividades pesqueras y a la extracción de sal, tanto para su propia subsistencia como para pagar tributo a ciudades mayores o para llevar esos productos a las grandes urbes del interior de la península.

El Rey se convirtió en un sitio relevante hasta tiempos tardíos (entre 1300 y 1550), cuando se registró un importante crecimiento poblacional en las costas del actual estado de Quintana Roo. Las estructuras que hoy pueden visitarse corresponden a un asentamiento principalmente dedicado a las actividades marítimas, aprovechando su privilegiada ubicación entre el mar Caribe y la laguna de Nichupté. A la llegada de los españoles, los pobladores de El Rey, viendo destruida la estructura socioeconómica de la región, huyeron hacia el interior de la península y la isla permaneció deshabitada hasta principios del siglo XX.

Gracias a las intervenciones arqueológicas efectuadas en los años setenta y ochenta de la pasada centuria, hoy puedan visitarse las estructuras alineadas a lo largo de la calzada principal y sus dos pequeñas plazas. En 2010 se realizó un proyecto de conservación integral del sitio, que permitió mejorar la presentación de los edificios y garantizar su preservación.

Una de las características más sobresalientes de El Rey es la cuidadosa traza de una calzada a cuyos lados se construyeron plataformas con edificios residenciales; cada una de estas casas” tiene detalles individuales, pero todas siguen el patrón típico de las estructuras habitacionales del Posclásico Tardío, es decir, un acceso porticado con una banqueta, en la que seguramente se realizaban las actividades diurnas, y otra posterior, más privada, que pudo haber funcionado como dormitorio.

De acuerdo con el especialista en estudios de población, Dr. Allan Ortega Muñoz, tanto en el interior como el exterior de los edificios se han localizado entierros cuyo análisis ha permitido saber que El Rey fue una comunidad de alta variabilidad biológica, y está vinculada con los sitios de la isla de Cozumel y Chichen Itzá.

La calzada corre hacia el norte y hacia el sur del conjunto de estructuras principales, mientras que al centro de la calle pueden apreciarse pequeños altares cuadrangulares, seguramente relacionados con ceremonias familiares. Las construcciones residenciales del sector sur incluyen edificios de mampostería; por su parte, las del norte (parcialmente abiertas a la visita) son únicamente plataformas que sostenían casas de madera y palma. Es interesante mencionar que las plataformas de la calzada norte están alineadas hacia el basamento piramidal del cercano sitio de San Miguelito, lo que sugiere que ambos conjuntos formaban parte de un solo y extenso asentamiento de más de tres kilómetros de longitud, que ocupaba la mitad sur de la isla de Cancún.