Durante el apogeo de este asentamiento se construyeron 18,000 m2 y los edificios corresponden a un estilo arquitectónico peculiar. Algunos cuartos y basamentos están decorados con hileras de piezas circulares de piedra, conocidas como clavos; para otros se recurrió a un tipo de tableros en escapulario, mientras que otros más están techados con lajas saledizas (este sistema se conoce como bóveda falsa).

El surgimiento de La Organera-Xochipala se debió a varios factores, entre los que sobresale la defensa del territorio. Junto con otros sitios contemporáneos, éste protegió las tierras de cultivo del valle conocido como El Llano.

Se han identificado cinco etapas constructivas en esta antigua ciudad, que van desde el Clásico Temprano hasta el Posclásico Tardío, aunque se desconocen las causas de su decaimiento y abandono. Resalta la arquitectura palaciega, a base de pórticos con pilastras y un sistema de circulación adaptado al desnivel del terreno mediante escalinatas estucadas.

Por otra parte, los especialistas han definido dos tradiciones cerámicas. La primera se inserta entre las fases Tejas y Xaltipan, correspondientes al Preclásico Medio (585 a.C.) y Clásico. La segunda, a partir de la fase Tepenacaxtla, se sitúa en el periodo Posclásico Temprano, fase Xochipala Tardía (965), con el Blanco Granular predominantemente.