Sobre avenida Revolución, la Casa del Acueducto es la última sección del museo. Este espacio sirvió de enfermería en época del colegio. Entonces, en la planta baja había molinos y almacenes para herramientas; arriba se disponían las celdas para los enfermos, una capilla y un mirador cuya vista debió reconfortar a los frailes en cama: los árboles y riachuelos de la huerta en primer plano, más adelante la barranca del río Chico, los campos de Miraflores y, al fondo, la sierra del Ajusco.

También llamada Casa Novohispana debido a su decoración y a la manufactura de su mobiliario, actualmente funge como sala de exposiciones temporales. Es sede de la exposición permanente "Afanes de la Memoria", la cual muestra el antiguo San Ángel y sus alrededores.