El sitio fue visitado por el arqueólogo francés Desiré Charnay en 1886, un período en el cual anticuaros y arqueólogos extranjeros comenzaron a explorar y excavar sitios con vestigios de los mayas antiguos en la región. Charnay realizó tomas fotográficas con una novedosa técnica llamada colodión y se considera el primer arqueólogo que registró mediante una técnica fotográfica el sitio arqueológico. Más tarde, Silvannus G. Morley en 1928, del Carnegie Institution de Washington, realizó una visita al sitio y elaboró algunos registros (Ringle y Bey: 1994: 1).
En 1929, después de la Revolución y de la aplicación de las reformas de las tierras a través del país, Ek’ Balam fue expropiado y fue otorgado a las comunidades cercanas de Hunukú y X’Kumil como tierras ejidales.
Investigaciones extranjeras
A mediados de los años ochenta, entre 1984 y 1995, los arqueólogos estadounidenses William Ringle y George Bey III, de Davidson y Millsaps College dirigieron el Proyecto Arqueológico Ek’ Balam; comenzaron excavaciones arqueológicas en el sitio, realizando el primer plano arqueológico, interviniendo en algunas de las estructuras de la periferia del centro y estableciendo la primera secuencia cerámica del sitio. El proyecto tuvo varias temporadas de campo hasta 1995 que fueron financiadas por la National Geographic Society y el National Science Foundation de Estados Unidos. Este proyecto se basó principalmente en el desarrollo de la investigación arqueológica y la excavación y restauración de algunas estructuras arquitectónicas, mientras que la conservación y el mantenimiento del sitio no fueron incluidos en este proyecto. William Ringle identificó los restos de la arquitectura colonial de la antigua capilla del siglo XVI y más tarde Hanson (1992, 1995, 1995, 1996) investigó el componente del Postclásico Tardío y el de contacto en esta parte del sitio utilizando las recolecciones de superficie sistemáticas de 130 estructuras y unidades de sondeo en 19 estructuras. Estas investigaciones se complementaron con estudios regionales de prospección a cargo de Charles Houck y Gregory Smith. Estudios de asentamientos alrededor del centro cívico fueron también realizados por Craig A. Hanson (2004).
Investigaciones Nacionales a cargo del INAH
A partir de 1996 el Gobierno del Estado de Yucatán, a través del Patronato CULTUR, inició el financiamiento del proyecto arqueológicos Ek’ Balam (Vargas y Castillo 2017: 5). Desde ese año la excavación y restauración del sitio avanzó considerablemente. En 1996 y 1997 se liberaron las demás estructuras de la Plaza Sur y en 1997 se excavó la cara sur del edificio más grande e importante de Ek’ Balam, la Estructura 1, a la que se denomina la Acrópolis
A partir de 2001 el presupuesto fue drásticamente reducido y aunque los trabajos continuaron se realizaron temporadas más cortas (Op. Cit 2017).
En el año 2023 se realizaron las excavaciones de la plaza Este, las residencias de la plaza, así como la estabilización de la esquina noreste sureste de la acrópolis.
En sus equipos de trabajo han colaborado un buen número de especialistas entre los que destacan el epigrafista Dr. Alfonso Lacadena García-Gallo, quien realizó todas las lecturas e interpretaciones del Corpus glífico del sitio; la ceramista Teresa Ceballos Gallareta, quien ha conducido el análisis cerámico de la colección del sitio y establecido la secuencia temporal; el Dr. Adrián Velázquez Castro y la Bióloga Norma Valentín Maldonado han colaborado en la identificación de algunas especies de conchas y caracoles, así como en la determinación de las técnicas de trabajo utilizadas en su elaboración; y el Dr. Emiliano Melgar Tízoc en la identificación de piedra verde. Así mismo otros arqueólogos han participado en diferentes temporadas de excavación, en los trabajos de prospección para afinar el estudio del patrón de asentamiento, así como en el análisis de materiales arqueológicos diversos.
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Ek’ Balam. Ciudad que empieza a revelar sus secretos, en la revista Arqueología Mexicana (Vargas De la Peña & Castillo Borges, 1999).
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Hallazgos recientes en Ek’ Balam, en Arqueología Mexicana (Vargas De la Peña & Castillo Borges, 2005).
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Ek’ Balam, en Guía de Arquitectura Prehispánica y Paisaje: La Ruta Maya (Vargas De la Peña & Castillo Borges, 2010).
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Ek’ Balam. Los mayas sublimes (Vargas De la Peña & Castillo Borges, 2015).
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Breve recuento de las investigaciones realizadas en Ek’ Balam, en Arqueología del norte de la península de Yucatán: avances y exploraciones recientes (Vargas De la Peña & Castillo Borges, 2016).
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Ek’ Balam y el reino de Talol. Origen y legado, en Arqueología Mexicana (Vargas De la Peña & Castillo Borges, 2017).
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Textos Glíficos de Ek’ Balam (Yucatán, México): Hallazgos de las Temporadas de 1996–1998, en Los Investigadores de la Cultura Maya 7 (Vargas De la Peña, Castillo Borges & Lacadena García-Gallo, 1999).
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El Mausoleo de Ukit Kan L’ek Tok', en Los Investigadores de la Cultura Maya 9 (Vargas De la Peña & Castillo Borges, 2001).
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La pintura mural prehispánica en Ek’ Balam, Yucatán, en La Pintura Mural Prehispánica en México II, Área Maya (Vargas De la Peña & Castillo Borges, 2001).
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Ek’ Balam, un antiguo reino localizado en el oriente de Yucatán, en Nuevas ciudades, nuevas patrias (Vargas De la Peña & Castillo Borges, 2006).
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El Cuarto 44 de la Acrópolis de Ek’ Balam, en Los Investigadores de la Cultura Maya 15, tomo II (Vargas De la Peña, Castillo Borges, Lacadena García-Gallo & Ceballos Gallareta, 2007).
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El mural del Cuarto 22 de la Acrópolis de Ek’ Balam, Yucatán, México: ritual y profecía de Año Nuevo en el período Clásico maya, en Mayab No. 19 (Vargas De la Peña, Castillo Borges & Lacadena García-Gallo, 2007).
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Los objetos de concha de Ukit Kan Lek Tok´, rey de Ek’ Balam, en Los Investigadores de la Cultura Maya 22, tomo II (Fernández González, Vargas De la Peña & Castillo Borges, 2014).
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Ek’ Balam a través de sus imágenes y textos, en Ketzalcalli 1 (Vargas De la Peña & Castillo Borges, 2018).
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Ek’ Balam. A Maya city in the urban landscape of Yucatan, en The Maya World, capítulo 20 (Vargas De la Peña, Alonso Olvera, Castillo Borges & Lacadena García-Gallo, 2020).
