En 1779 comenzó la construcción del reducto de San Miguel con el proyecto del ingeniero Agustín Crame. Ya construido, el coronel de ingenieros, Juan José de León modificó su traza y, en 1801, incluyó dos pequeños baluartes que sobresalían en el lado de tierra para proteger la puerta. De 1925 a finales de la década de 1950, el edificio fue utilizado como unidad habitacional de las familias del ejército federal, después quedó abandonado durante más de 10 años. En 1963 se rehabilitó el edificio para el Museo de Armas y Minería. En 1978 se sustituyó como Museo de Arqueología Maya.