San Francisco fue el quinto baluarte en ser edificado, su arquitectura es semejante al de la Soledad. Fue construido entre 1686 y 1690. Originalmente ocupaba una superficie de 1,341.90 metros cuadrados, pero en 1899, la Compañía del Nuevo Tranvía Urbano de Campeche solicitó permiso para derribar una parte y construir una vía que comunicara al centro de la ciudad con el barrio de Santa Ana.