El Colegio fue fundado en 1540, en Pátzcuaro, por Vasco de Quiroga. Se trasladó a Valladolid fusionándose con el de San Miguel. En este inmueble, Miguel Hidalgo fue estudiante, maestro, tesorero y rector. En 1790, Morelos inició su carrera eclesiástica. Fue clausurado por el gobierno virreinal en 1810 como consecuencia del movimiento independentista. En 1847 retomó su labor educativa como una institución laica, siendo el antecesor de la Universidad Michoacana.