Domingo Narciso de Allende, padre de Ignacio Allende, mandó construir esta casa hacia el año de 1769 como regalo de bodas para su esposa María Ana Unzaga y, probablemente, en 1785 se terminó la construcción. Durante la Guerra de Independencia, la casa fue confiscada por el gobierno virreinal, pero al terminar la contienda fue devuelta a sus propietarios, quienes la vendieron a particulares. En 1976 la adquirió el gobierno del estado de Guanajuato, el cual la cedió al INAH en 1984 para convertirla en museo histórico. En 2008 se le hizo una restauración arquitectónica y museográfica.