Se extiende hacia el sur del primero, fuera de la zona urbana. Es conocido por su estructura principal, denominada Los Pájaros, posiblemente fue un templo y tiene una crestería calada con mascarones que conserva en relativo buen estado. Cronológicamente se remonta a las fases Bejuco y Chintok del periodo Clásico Tardío. No obstante, muchos de los demás grupos se distribuyen al interior y en el perímetro de la actual cabecera municipal de Calakmul. Tal es el caso del Conjunto III, donde hallamos una decena de estructuras, siete de las cuales delimitan dos plazas, una de ellas cerrada y la restante abierta por el sector sur. De acuerdo con la evidencia registrada, data del Clásico Tardío. En la actualidad se han intervenido los inmuebles de la plaza sur.

Estructura III-5: Divide las plazas mencionadas y consiste en cuatro recintos con acceso independiente, orientado cada uno a un punto cardinal, los cuales están dispuestos sobre una plataforma baja. Todos los cuartos poseen banqueta y estuvieron originalmente abovedados.

Estructura III-6: Posee cuatro aposentos que alguna vez tuvieron bóveda; los centrales se comunican entre sí. No obstante, uno de ellos presenta modificaciones tardías.

Estructura III-7: Consta de una plataforma semirectangular que soporta una estructura cuya fachada principal mira hacia el poniente, donde se localiza la plaza abierta del grupo. Contiene cuatro aposentos, la mayoría con banquetas en su interior. Dos de los cuartos también tienen vista al oeste, en tanto que en sus extremos se encuentran otros tantos cuartos mirando hacia el norte y el sur, respectivamente, todos ellos originalmente abovedados.