Al frente del templo principal, sobre la plataforma donde se levantan las escalinatas, se encuentra un pequeño altar de planta rectangular, agregado también en la última etapa constructiva. En tres de sus lados tiene empotradas esculturas de cráneos y cuadretes con la representación de huesos cruzados. El investigador Alfonso Caso describió este altar como la tumba del dios solar. En el interior se encontraba una pintura con los mismos motivos, cuyos restos fueron desprendidos para frenar el deterioro. Sin embargo, en el museo de sitio de la zona arqueológica, llamado Xólotl, se puede ver actualmente una reproducción de esa pintura.

Muro de la pirámide donde se observa el Altar de los Cráneos o de las Calaveras