Este tipo de espacios arquitectónicos se caracterizan por ser el eje sobre el cual se distribuyen varias construcciones. En La Nopalera, el patio hundido sigue el mismo patrón que apareció en la vecina región del Bajío durante los años 100-900, esto es, un espacio rodeado por una estructura perimetral y que además carece de un altar central. Los trabajos que realizó la arqueóloga Angelina Macías en los años ochenta del siglo XX, permitieron conocer que la superficie de este espacio tenía un empedrado burdo a 1.30 m por debajo de la banqueta perimetral. Hacia los flancos norte y sur del patio están las escalinatas de acceso, y había otra en el extremo oeste del patio que no es posible ver porque fue tapada durante el periodo de ocupación tarasca.

La arqueóloga Angelina Macías también descubrió en aquella época 35 entierros con elementos de filiación tarasca. Aunque no presentaron un patrón, sí se determinó que fueron dispuestos dentro del relleno, por lo que se infiere que formaban parte de una ofrenda relacionada con la edificación del nuevo templo. Asimismo, se encontraron varios miembros y cráneos que muestran prácticas de mutilación y decapitación. De acuerdo con la Relación de Michoacán, al ser construido un templo era costumbre sacrificar a algunas personas, generalmente cautivos.