El edificio mismo, y la riqueza que alberga en su interior, describen la historia del estado de Morelos desde el período Preclásico hasta la Revolución. El Museo Regional Cuauhnáhuac ocupa el imponente Palacio de Cortés, una de las edificaciones civiles más antiguas que se conservan en México (su etapa principal de construcción terminó en 1535).
Monumento emblemático de la ciudad de Cuernavaca, Hernán Cortés lo hizo levantar para utilizarlo como residencia familiar y sede del Marquesado del Valle de Oaxaca. Con el paso de los años tuvo diversos usos, entre otros cárcel y sede del gobierno estatal, hasta que el 2 de febrero de 1974 se convirtió en museo y centro cultural. Su interior resguarda una importante colección de bienes paleontológicos, arqueológicos, históricos y artísticos. Las salas de la planta baja están destinadas a los diferentes periodos del pasado prehispánico, mientras en la planta alta podemos apreciar el acontecer histórico desde la llegada de los españoles hasta nuestros días.
Planta baja: En la planta baja se ubican las salas destinadas a los diferentes periodos del pasado prehispánico. El recorrido en orden cronológico permite conocer la historia antigua de la región: Salas 1 y 2. Rutas de migración, los primeros pobladores. Sala 3. Chalcatzingo, los olmecas. Sala 4. La influencia teotihuacana en el periodo Clásico. Sala 5: Xochicalco. Sala 6. Escritura pictográfica, Tetecala, pinturas rupestres. Sala 7. Tepoztlán. Sala 8. Señoríos tlahuicas. Sala 9. Los tlahuicas y la conquista mexica. Sala 10. La Conquista.
Planta alta: El recorrido en el segundo piso del museo ilustra algunos de los principales aspectos de la sociedad, la cultura y los hechos políticos y militares que han marcado, después de la Conquista, la vida de Nueva España y México; se destaca especialmente la importancia que tuvo la gente y el territorio del actual del estado de Morelos. A lo largo de este panorama, que abarca del siglo XVI al XX, los grandes procesos históricos de transformación del país (el Virreinato, la Independencia, la Reforma, el Porfiriato y la Revolución) se han expresado en Morelos, en sus poblados y con el protagonismo de sus hombres y mujeres. El rostro actual de la entidad se refleja en el estudio de ese pasado: Sala 1. Aportaciones del Viejo Mundo. Sala 2. La encomienda, el poder social y político en la Nueva España. Sala 3. El Marquesado. Sala 4. Comercio con Oriente. Sala 5. Colonización religiosa y pintura novohispana. Sala 6. La expansión religiosa en Morelos. Sala 7. La industria textil. Sala 8. La Guerra de Independencia y la formación de la República. Sala 9. El Porfiriato. Sala 10. La Revolución y etnografía de Morelos.
Hay un importante mural de Diego Rivera en la terraza galería de la planta alta.
