Se localiza en una vega del río El pueblito, sobre una pequeña elevación al sur del valle de Querétaro, consta de una amplia plataforma sobre la que se construyeron edificios y plazas, entre los que se destaca una estructura piramidal de 30m de altura.

El cerrito se conformó como un asentamiento agrícola a inicios del primer milenio de nuestra era y tuvo distintas etapas de ocupación. Entre 400 y 650 d.C se constituyó como un centro político importante del valle de Querétaro puesto que formó parte de la red de sitios aliados a Teotihuacán que mantuvieron el control en la producción e intercambio de obsidiana; fue en ese periodo cuando se erigió el gran basamento. Su época de mayor desarrollo comenzó a mediados del siglo VII, tras la caída de Teotihuacán, y se prolongó hasta el siglo XI, durante ese periodo fue un centro regional de culto a una deidad de la fertilidad, por lo que acudían diversos pueblos que aportaban trabajo para su construcción y mantenimiento. Asimismo, en esos años, la jerarquía local estableció relaciones políticas con Tula.

Este lugar se construyó siguiendo un sistema cuatripartita: el espacio ceremonial se encuentra dividido en cuatro secciones que tienen como eje los puntos cardinales. Además de la estructura principal, contaba con una plataforma, un grupo de edificios y plazas decoradas con relieves, coronamientos y esculturas.

Pese a que el sitio fue abandonado alrededor del siglo XI, persistió en la memoria de algunos pueblos que acudían hasta allí con ofrendas. En el siglo XVI se reanudó su poblamiento y se fundó el pueblo de San Francisco Galileo, compuesto por indios otomíes y tarascos. Posteriormente, a mediados del siglo XIX, en la parte superior del gran basamento se construyó un pequeño fortín con cuatro torreones de forma pentagonal y un polvorín al centro, el cual fue adaptado posteriormente como casa habitación de la familia Fernández de Jáuregui.

Los primeros trabajos de exploración se realizaron en 1932 cuando el inspector local de monumentos Miguel Patiño denunció una serie de excavaciones que realizaban los propietarios del terreno sin autorización. Posteriormente, en 1936, Eduardo Noguera realizó los primeros trabajos arqueológicos. En 1944 Carlos Margáin realizó una visita para recabar información sobre zonas monumentales en el norte y occidente, luego de observar su configuración arquitectónica determinó que se trataba de un sitio con influencia tolteca. Más tarde, en 1960, Román Piña Chan consideró que este sitio pertenecía al Epiclásico, concretamente a la etapa tolteca. En 1984 comenzó el proyecto arqueológico de El Cerrito. El año siguiente se realizó su reconocimiento inicial con la colaboración de Carlos Castañeda y alumnos de la Universidad Veracruzana.