Durante la época prehispánica, en el valle de Toluca se asentaron grupos otomíes, teotihuacanos, toltecas, mazahuas, matlatzincas y nahuas.

En el periodo Preclásico (1000 a C.-150) incursionaron grupos organizados con influencia olmeca. Luego, a partir del 250 los teotihuacanos llegaron al valle de Toluca y Calixtlahuaca, entre otros sitios, en vista de la diversidad de elementos que ofrecían para la subsistencia. Fueron los teotihuacanos quienes introdujeron costumbres y ritos como el juego de pelota y el culto a Quetzalcóatl y Tláloc.

Al caer Teotihuacán, en Calixtlahuaca hubo intrusión tolteca que luego fue sustituida por los matlatzincas, es decir, los nepinthathuhui (“los de la tierra del maíz"). Su apogeo se verificó entre 1116 y 1476.

De 1472 a 1476 los mexicas —con Axayácatl y la Triple Alianza— conquistaron a los matlatzincas y, bajo el mando de Moctezuma Xocoyotzin, impusieron el pago de tributo, como consta en la Matrícula de Tributos.

La Zona de Monumentos Arqueológicos Calixtlahuaca-San Marcos se distribuye a lo largo de un segmento del Cerro Tenismó. Los monumentos 13, 14 y 15 —no abiertos al público— se localizan en la cima del cerro. A media ladera se asientan los monumentos 5 y 6 (monumentos Sur y Oeste), que conforman el conjunto El Panteón. En tanto, los monumentos 4 y 7, junto con el tzompantli, integran el conjunto Tláloc. A los monumentos 8, 9, 10 y 11 no tienen acceso los visitantes. Finalmente, en la ladera baja se ubican los monumentos 1 y 3 y, ya en la planicie, los conjuntos 16 y 17 o Calmécac.

Los conjuntos ubicados en la ladera del Cerro Tenismó se levantan sobre terrazas en lugares que se nivelaron, para luego rellenarse y sostenerse con gruesos muros de contención.

El recorrido por los monumentos abiertos al público se puede realizar en aproximadamente dos horas.