El 13 de junio de 1638, Juan Gómez Bermejo ofreció una sala de 28 varas de largo frente a una antigua capilla franciscana y el 28 de diciembre de 1638, se erigió como parroquia. La iglesia fue dedicada el 30 de noviembre de 1638.

Años después, los franciscanos vendieron a los hermanos de la Tercera Orden este sitio para que construyeran el actual templo de San Antonio. El 2 de febrero de 1643, el obispo de Michoacán, Marcos Ramírez de Prado erigió el curato.

El actual templo y convento de San Buenaventura se edificó en el terreno donado por Juan Izquierdo, alcalde mayor de Chochones.

Durante la Reforma, el convento fue desalojado y destechado, permaneció desocupado por cuarenta años. Después de esto, fue conocido como "Las Ruinas de San Francisco"; sin embargo, cuando los padres franciscanos regresaron a sus actividades, se dedicaron a reconstruirlo hasta su actual apariencia.