El 20 de junio de 1625, la Compañía de Jesús se estableció en tierras queretanas tras siete años de intentos para obtener la licencia real. Tanto el cuerpo colegiado como el templo recibieron el nombre de San Ignacio. En 1659, el coadjutor Tomás Ramírez colaboró en la construcción del templo, no sólo con fondos, sino también dirigiendo los trabajos. El templo tiene una planta de cruz latina, al lado izquierdo de la portada principal (orientada al sur) está la única torre de tres cuerpos (poco común entre los jesuitas que solían tener torres de dos cuerpos). En 1806 se añadió a la nave una capilla dedicada a La Santa Escala, con lienzo de San Antonio firmado por Peralta en 1780. En 1696 se contrató la construcción de otro colateral dedicado a la Virgen de Guadalupe. El interior ha sido modificado en diferentes ocasiones, de los altares barrocos pasó a decoración art nouveau. La portada está enmarcada por sillares de cantería.