La edificación de este inmueble comenzó entre 1550 y 1598, siendo el primer templo construido en Querétaro. El conjunto estaba conformado por el templo, convento y un huerto que fungía como cementerio, además de otras capillas que fueron demolidas durante la Reforma. Este templo fue la Catedral de Querétaro entre 1856 y 1922. En 1934 se destinó una parte del convento para el Museo Regional de Querétaro.