El templo actual, con estilo clásico del renacimiento tardío, fue dedicado en 1668. En el exterior cuenta con dos portadas, la primera dedicada a San Francisco y la segunda a Santa Clara; el interior es de una sola nave, sus retablos se cambiaron dependiendo de la moda, la incuria y los recursos con los que contaba el convento (el altar mayor ha sido cambiado más de cinco veces) y fue adornado por artífices afamados como Miguel Cabrera, Agustín Ledesma, Tomás Xavier de Peralta, Manuel Pérez de la Serna, Juan Correa y el arquitecto Francisco Eduardo Tresguerras.