La Acrópolis está edificada sobre una colina de 46 m de altura, con tres cuerpos formados por plataformas, cuyos basamentos escalonados dan acceso a los edificios que fueron construidos en diferentes etapas.

Edificio 1 o Templo de las Pinturas: El Templo de las Pinturas pertenece a la última secuencia constructiva del sitio y sus murales se inscriben dentro de la tradición de la pintura maya del periodo Clásico (300-900 d.C.). Su basamento cubre los remanentes de una estructura anterior; los cuartos que lo conforman están totalmente pintados en su interior y muestran un orden cronológico en la temática de sus imágenes.

La construcción divide el espacio pictórico en muros y bóvedas, en los que las escenas se distribuyen en registros horizontales. En el registro superior de las bóvedas y en la cerradura de los tres cuartos se pintaron figuras relacionadas con los astros que presiden los acontecimientos históricos y míticos plasmados en el resto del espacio pictórico.

Murales del Cuarto 1, Templo de las Pinturas: Sus paredes describen tres escenas separadas entre sí por franjas que alternan colores rojo y blanco. La primera escena que cubre las bóvedas es la presentación del heredero del trono de Bonampak, repartida en los lados oriente, sur y occidente; la segunda, en la bóveda norte, es la vestidura de un grupo de nobles; y la última, sobre los muros verticales, representa un grupo de músicos que acompaña a varios personajes, todos distribuidos en los cuatro lados.

Stainer Cicero, Leticia,1998, La pintura mural prehispánica en México. Tomo II, Área maya. Bonampak, México, UNAM / IIE.

Murales del Cuarto 2, Templo de las Pinturas: Los murales de esta habitación relatan dos escenas: la más extensa es una batalla, que ocupa los lados oriente sur y occidente; la siguiente, en el norte, representa el sometimiento y sacrificio de los cautivos frente a los vencedores. Hay aproximadamente 126 figuras humanas, 41 cláusulas glíficas y 11 figuras hacia el cierre de la bóveda.

Stainer Cicero, Leticia, 1998, La pintura mural prehispánica en México. Tomo II, Área maya. Bonampak, México, UNAM / IIE.

Murales del Cuarto 3, Templo de las Pinturas: A diferencia de los anteriores, los murales de esta habitación muestran sólo una escena formada por diversos grupos de personajes: en los lados oriente, sur y occidente se trata de una festividad en la que se incluyen sacrificios y danzas, y dos grupos de espectadores ocupan la bóveda norte. El número de figuras humanas llega a 69, el de cláusulas glíficas a 20, y a 7 el de figuras próximas al cierre de la bóveda.

Stainer Cicero, Leticia, 1998, La pintura mural prehispánica en México. Tomo II, Área maya. Bonampak, México, UNAM / IIE.

Edificio 3: Tiene un recinto con tres entradas y el interior tiene aplanados de estuco cubiertos de color negro, así como varios grafitti.

Edificios 4 - 8: Son pequeños edificios con bóveda maya de carácter más ritual que habitacional. El número seis es el más antiguo de todo el conjunto; tiene un dintel labrado con la imagen del gobernante Chaan Muan I, quien gobernó Bonampak hacia el año 600 d.C.