El Colegio de Propaganda Fide contaba con varias bibliotecas: la Librería Guadalupana, grande o común, la del noviciado y la de cada fraile. En total llegaron a reunir más de 30,000 volúmenes. Se exhiben más de 9000 libros que en su mayoría fueron adquiridos por los franciscanos en el periodo que siguió al enclaustramiento. El mayor número de sus ejemplares se encuentra en latín, español y otras lenguas europeas.

Fue costumbre dentro de los estatutos de la rama de franciscanos de Propaganda Fide, que los novicios se prepararan al menos seis años. Durante ese tiempo cursaban varias ciencias como filosofía, teología, física, cosmología y lenguas nativas. Los futuros misioneros leían entre otras cosas, primero libros litúrgicos y la Biblia, después textos teológicos y finalmente la vida de algunos santos. La librería o biblioteca se consideraba un lugar privilegiado en donde se resguardaba el conocimiento. La antigua librería, nombre con el que se designaba a las bibliotecas, comenzó a formarse gracias a fray Antonio Margil de Jesús, quien pidió la primer remesa de libros. 

Entre los ejemplares que se encuentran destacan la Biblia, el Concilio de Trento, el Concilio Provincial Mexicano, Mística Ciudad de Dios y La Ciudad de Dios. En cuanto a los temas el repertorio es variado, figuran: hagiografía, ascética, catequética, derecho canónico y otros temas religiosos, álgebra, geografía, física, filosofía, química, compendios de historia natural, atlas, moral, zoología, astronomía, gramática latina, historia de México, entre otros.