Escaleras abajo del cuarto de lavabos, se encuentra el osario, donde aún hoy en día se almacenan los huesos de los frailes que fueron desenterrados tras siete años de permanecer en las criptas. Este espacio, constituido de cuatro cámaras, que se encuentran justamente debajo del presbiterio del templo, fue destinado al sepulcro de los religiosos del colegio y de sus benefactores.