Ubicado a unos 27.35 kilómetros al sureste de El Paso en un tramo de El Camino Real, San Elizario marca el inicio del sendero hacia el norte. En 1788, el sitio fue el lugar elegido para ubicar una fortaleza militar estratégica en la frontera poniente de Nueva España.

El presidio conformado por altas paredes de adobe fungía como un instrumento de defensa y pacificación del camino; con el tiempo se convirtió en un elemento estratégico para poblar el norte de México mediante pequeños asentamientos agrícolas y mineros hasta que el establecimiento militar fue un poblado.

En el centro del presidio se encontraba la capilla de adobe de Nuestra Señora del Pilar y de Gloriosa San José. Fue construida para el servicio de los soldados españoles y sus familias. En 1829, el poblado de San Elzeario, junto con el presidio y la capilla fueron destruidos por una cadena de inundaciones.

Se buscó un lugar más alto para reconstruir la iglesia, obra que se terminó en 1841. Esta nueva capilla abrió sus puertas a un pueblo de más de mil residentes.

Después de la guerra entre México y los Estados Unidos, durante la cual fue ocupada por las tropas estadounidenses, la capilla se encontraba muy descuidada. La inundación de 1852 terminó de derrumbar la inmueble. Con los restos de abode se construyó una pequeña iglesia temporal.

Fue en 1977 que se levantó una nueva iglesia al sur de la Plaza San Bernal y se convirtió en el centro espiritual de la comunidad. Se construyó de una planta según la arquitectura tradicional, con gruesas paredes de adobe, grandes contrafuertes y techo plano de vigas. El campanario triangular se encuentra al centro, encima de la fachada.

Actualmente, la capilla tiene el estilo del renacimiento gracias a los nuevos elementos europeos que se integraron durante el siglo XX, sobretodo después de que un incendio eléctrico en 1935 destruyera los interiores de la capilla. Durante las remodelaciones se instaló un colorido techo decorativo de estaño u hojalata prensado, así como postes con ornamentos neoclásicos.