San Francisco fue canonizado en 1228 por el papa Gregorio IX. Poco tiempo después se convirtió en uno de los santos más populares del medievo. San Buenaventura menciona que su cadáver se veía lozano como si estuviera vivo, que las marcas de los clavos de los estigmas y la herida del costado contrastaban con la blancura de su piel que se mostraban blanda al tacto. La mayoría de los habitantes de Asís ignoraban la existencia de las llagas en san Francisco por lo que acudieron a la iglesia de san Jorge, para corroborar su existencia y en 1230 el cuerpo fue trasladado a una basílica construida en su honor. Dos siglos después, en 1449, el papa Nicolás V y otros clérigos descendieron a  la cripta del santo para comprobar el milagro de los estigmas. Encontraron a san Francisco de pie, con las manos entrelazadas y los ojos elevados al cielo. Sorprendido el grupo se arrodilló, mientras el papa levantaba  el ruedo del hábito para comprobar la presencia de las llagas, que aún manaban sangre.