La palabra "claustro" viene del latin claustrum, que significa un espacio abierto al cielo y cerrado al mundo. Este claustro se hizo en devoción al fundador de la orden franciscana, San Francisco de Asís. Cuenta con 26 óleos sobre tela, pintados ex profeso para este sitio, que retratan diferentes pasajes de la vida del santo. Se ha determinado que este sitio fue construido en el lapso de 1750 a 1775, en su parte central se encuentra un patio y un aljibe terminado en 1881. Existieron varias series en conventos novohispanos que presentan la vida de San Francisco, pero este es el único en donde se conserva la serie completa y en su lugar original. Cada uno de los lienzos incluyen versos que explican el tema y al pie de cada escena se encuentra el nombre del benefactor que donó recursos para que se hicieran los cuadros.