Durante la época virreinal, las iglesias conventuales destinaban un espacio en la parte superior de la construcción para el coro, frente al altar mayor. En este sitio se reunía la comunidad de religiosos para orar durante ciertas horas del día, conforme lo estipulaba la regla de la orden a la que pertenecían. Algunos de estos recintos, como el templo del Colegio de Guadalupe,  tuvieron sillería tallada en madera. Al centro suele estar un facistol de madera en el que se colocaban grandes libros de coro con las diversas oraciones que eran cantadas por la comunidad. 

Se desconoce quiénes fueron los autores del magnífico conjunto de Guadalupe, sin embargo, por medio de las imágenes que se conservan en su lugar original, puede apreciarse la calidad de su talla y de su policromía. Entre los santos que aparecen representados, se distinguen algunos de los apóstoles con el instrumento de su martirio, intercalados entre símbolos marianos de la letanía. Destaca, al centro del conjunto, la escultura de san Francisco de Asís. Esta imagen, a diferencia de las otras que están policromadas y estofadas, fue hecha para ser vestida y con un mecanismo que permite ponerla de pie o sentada, de acuerdo a como la requerían los frailes para sus diversas ceremonias. 

Visten los muros de este recinto, lienzos de gran formato con imágenes que aluden a las devociones franciscanas tales como san José y la lucha sostenida contra los herejes en una alegoría franciscana que se encuentra en el muro principal.