El grupo de las 26 pinturas que integran el claustro bajo, llamado de San Francisco, exhibe un instrumento útil y pedagógico para enseñar cotidianamente a aquellos que moraban en el Colegio de Propaganda Fide de Guadalupe, Zacatecas. Este conjunto es de gran trascendencia, ya que por más de 250 años se ha conservado completo. El artista retrata a san Francisco de Asís, no sólo como el fundador de una familia religiosa sino también como un modelo a seguir para los hombres y mujeres de su tiempo. Las imágenes narran hechos biográficos y algunos de sus milagros.
La iconografía del claustro guarda un mensaje alegórico que invita a imitar a Cristo. Cada lienzo está impregnado por el espíritu barroco de la época y por composiciones abiertas que sugieren movimiento, haciendo que el espectador se sienta inmerso en los lienzos, convirtiéndolo en testigo de las hazañas de san Francisco de Asís.
La obra pictórica forma un abanico de escenas existenciales franciscanas que manifiesta el ideal del fundador: la imitación de Cristo y de los apóstoles en un ambiente de perfección individual y de pobreza, sumado al vasto apostolado popular de salvar el alma de todos sean fieles o infieles sin descuidar en la tarea una estrecha obediencia a la Iglesia Católica.