El Museo de Arqueología Subacuática San José el Alto alberga una colección inigualable compuesta por objetos procedentes de contextos arqueológicos sumergidos en aguas marinas del Golfo de México y Caribe Mexicano. El Museo fue renombrado en diciembre de 2017 al añadirse una sala que integra esta colección única en el país, por lo cual pasó de llamarse Museo de Barcos y Armas Fuerte de San José el Alto, el cual fue inaugurado en 1995, a Museo de Arqueología Subacuática San José el Alto. La colección subacuática se ha realizado mediante el desarrollo de diversos proyectos en la región por parte de la Subdirección de Arqueología Subacuática del INAH a lo largo de cuatro décadas. Además, el recinto cuenta con la Declaratoria como Buena Práctica de la Convención UNESCO 2001 sobre la Protección del Patrimonio Cultural Subacuático, la cual tiene como objetivo fomentar la protección de este Patrimonio mediante la apropiación y visibilidad del mismo.

El Museo cuenta con seis salas en operación donde se exhiben armas de los siglos XVI al XIX. La colección incluye sables y espadas que pertenecieron a don Pedro Sáinz de Baranda y Borreiro, al general Antonio Gaona, a don Agustín de Iturbide, al general Manuel Gómez Pedraza y a don Mariano Escobedo. Otras piezas interesantes que se pueden observar en el museo son: el cañón denominado media culebrina, arma cilíndrica de bronce del siglo XVI (1552), el más antiguo de su tipo localizado en el hemisferio occidental, que fue encontrado en la Sonda de Campeche; la caña de timón o “del perro galgo”, como se le conoce por tratarse de una talla en madera de ébano con esa figura, que fue encontrada en el lecho del río Viejo o río Seco, afluente del río Palizada, a finales del siglo XIX. Entre las reproducciones a escala de barcos destaca el galeón, que muestra las características de los barcos mercantes que sorteaban el trayecto atlántico entre España y América; otra embarcación interesante es la reproducción del Golden Haind o Ciervo de Oro, obra de arte del modelismo naval que muestra la estructura típica de una nave preparada para la piratería, cuyo capitán fue el corsario inglés Francis Drake, quien junto a su pariente John Hawkins asediaron el Puerto de San Francisco de Campeche, por el año 1567.

Entre las obras de caballete o pinturas al óleo que ahí se exhiben destaca el cuadro de San Ignacio de Loyola, pintado a principios del siglo XVIII por Cristóbal de Villalpando, artista de gran importancia durante el Virreinato; de igual forma se muestra en este museo el retrato al óleo del ilustre marino campechano don Pedro Sáinz de Baranda y Borreiro, quien dirigió el cerco al castillo de San Juan de Ulúa, en Veracruz, con lo que logró la capitulación del último reducto español y así consumó la independencia completa del territorio de México, el 23 de noviembre de 1825.

Los detalles más relevantes del museo comienzan con la observación del edificio que lo alberga, cuya construcción corresponde a finales del siglo XVIII y es representativo de los avances de la arquitectura militar de la época. Entre otros elementos que se pueden reconocer están los siguientes: los glacis (pendientes ascendentes artificiales del terreno hacia las primeras paredes, para poner al descubierto a posibles atacantes), el camino sinuoso (mismo objetivo hacia las entradas), el foso, los merlones (almenas anchas, reforzadas, entre las cuales se hacía salir los cañones), las troneras (ventanas muy estrechas, para disparar por ellas con más protección), los garitones (pequeñas torres saledizas con troneras en los ángulos de las paredes del fuerte, para disparar en varias direcciones), la escarpa y contraescarpa (muralla inclinada hacia afuera y adentro, para poner al descubierto a los atacantes en ciertos lugares del fuerte), el adarve (la amplia azotea donde circulan los cañones y tropas), etcétera.

Otro de los aspectos relevantes es la observación del horizonte marino desde el adarve del fuerte y en especial, cuando el clima lo permite, la visión de la puesta de sol hacia el oeste, y de la línea costera hacia el norte, que delimita los humedales vinculados al mar que conforman la Reserva de la Biósfera de los Petenes.

A raíz de los “llamados pactos de familia”, los Borbones de Francia, España e Italia se unieron en guerras que tuvieron graves consecuencias. La conocida como Guerra de los Siete Años (1756-1763) hizo que España declarara las hostilidades a Inglaterra. En 1762, una flota británica se apoderó de la Habana y de Manila. A la firma de la paz, España recuperó esos puertos, pero perdió la Florida (y su puerto de San Agustín, fundado en 1565) y fue reconocido el derecho de Inglaterra sobre Belice.

La situación de Yucatán se volvió particularmente delicada pues, siendo la otra península que cierra el Golfo de México, su posición estratégica hizo previsible un ataque inglés, por lo que en 1777, el gobernador de San Francisco de Campeche, don Antonio Olivier, comunicó al rey de España, Carlos III, que la plaza era indefendible frente a las ambiciones expansionistas de Inglaterra. El ingeniero y brigadier de infantería Agustín Crame presentó entonces a la Corona un proyecto que consideraba la construcción de seis fortificaciones militares que incluyó el Fuerte de San José el Alto, el cual sería también conocido como “Fuerte de Las Tres Piedras”.

Su edificación se terminó en 1792 e incluyó las baterías de costa de San Matías y San Lucas, cuyo ángulo de tiro y capacidad de fuego impedirían un posible desembarco enemigo. La supervisión de la obra estuvo a cargo del teniente del rey don José Sabido de Vargas. Tras la Independencia de México quedó bajo la administración de la entonces Secretaría de Guerra aunque fue abandonado durante largo tiempo hasta que en 1988 se restauró.