En este museo, se ha reunido la riqueza patrimonial recuperada de contextos subacuáticos en las costas de la península yucateca, los cenotes y las cavernas inundadas. Si bien la arqueología subacuática apenas tiene 40 años de practicarse en México, los resultados de las investigaciones y los objetos hallados en diversos proyectos de esta región del país son dignos de conocerse.

La primera sala es una introducción a la arqueología subacuática, sus técnicas y especialistas que en ella intervienen. Resalta la imagen de San José, elaborada en el siglo XVIII, y a quien estaba dedicado el fuerte. El segundo espacio fue adaptado para recrear una cueva prehistórica en la que aprendemos de la formación geológica de la península. Hay réplicas de fauna extinta, de sus huellas y esqueletos, lo cual nos ayuda no solo a conocer animales desaparecidos, sino sus dimensiones respecto a la talla humana. El segmento final de este salón nos habla de Naia, una de las mujeres más antiguas de la prehistoria americana, quien vivió hace 13,000 años.

La tercera sala presenta piezas recuperadas de cenotes yucatecos, algunas elaboradas varios siglos antes de nuestra era y otras, poco antes de la llegada de europeos al continente. Destaca una jarra “chocolatera”, cuyo pico forma la boca del rostro que la decora. Los análisis de estas vasijas han registrado teobromina, dato que indica, efectivamente, que sirvieron para preparar bebidas de cacao. Otro sector exhibe una magnífica ofrenda funeraria procedente de Jaina, acompañando a un varón, una mujer y su creatura.

Los navegantes del Viejo Mundo debieron aprender a sortear los peligros de las aguas americanas y, en muchas ocasiones, sufrieron percances cuyos vestigios han sido recuperados por la arqueología subacuática. Es el caso de la culebrina de bronce, datada en 1525, balas de cañón, anclas o escandallos de plomo. Estos últimos eran las sondas que permitían examinar los fondos marinos. La pieza central de esta cuarta sala es la caña de timón de un barco italiano, tallada en ébano, recuperada en un afluente del Río Palizada.

Para quien gusta de las joyas, la siguiente sala no tiene desperdicio. Aquí se muestra el cargamento de oro, esmeraldas y rubíes recuperado de un pecio en el Arrecife Alacranes. Veremos anillos, mancuernillas, botones, dijes, medallas, cruces, relicarios y mondadientes, todos elaborados en oro. Otra vitrina contiene una serie de monedas de plata llamadas macuquinas; fueron acuñadas a golpe de martillo, son de forma irregular, tienen cruces y partes del escudo español.

La sexta sala nos habla de los cambios tecnológicos, en especial de las embarcaciones de vela a las desplazadas mediante máquinas de vapor. La manufactura también varió, dado que las maderas fueron trocadas por metal. Entre los elementos recuperados, se pueden ver piezas de porcelana, cubiertos, botellas, cañones, estufas, calderas, etc.