Inmueble franciscano del siglo XVI, fue uno de los primeros centros religiosos creados para la evangelización de los nativos y las incursiones al norte de la Nueva España. La presencia de la orden franciscana se dio a partir de la comisión del virrey Luis de Velasco para evandelizar la zona de Zacatecas y Durango. Su primer convento se ubicó donde ahora está el Obispado de Zacatecas.

En 1567 se construyeron sus nuevas instalaciones, dedicadas a la Purísima Concepción de María Santísima, y su comunidad estaba formada por menos de cuarenta religiosos. El 7 de diciembre de 1648 el templo sufrió un incendio que dejó la construcción en ruinas y destruyó numerosos altares y ornamentos. El 10 de marzo del siguiente año comenzó la reedificación bajo la dirección de fray Domingo de Arteaga. Durante la segunda mital del siglo XVIII, el padre Antonio de Mendigutia reconstruyó el templo, amplió la capilla de San Antonio al agregar un cuerpo más y un camarín.

En 1856, la Ley de Nacionalización de Bienes Eclesiásticos  truncó la obra de los franciscanos. El templo continuó en uso hasta en 1924 se presentó un derrumbe parcial en las bóvedas de su nave.

En 1987, Federico Sescosse restauró el monumento y se rescató la cúpula, la bóveda del presbiterio y la sacristía originales. Tras esta remodelación, se destinó como museo, el cual abrió el 5 de julio de 1990. En 2010, el museo fue ampliado, tanto en sus instalaciones como en su acervo, actualmente, el museo cuenta con 5,000 máscaras mexicanas.