En este terreno se ubicó la primera ermita cristiana, dedicada a Santa Catalina Mártir. De 1535 a 1544 fue la primera catedral de Oaxaca. En 1662 fue destruida por un temblor.

En 1698, el sitio fue entregado a los frailes de san Juan de Dios (juaninos) y se comenzó la construcción del nuevo templo. En 1700 se inició la edificación del convento con enfermerías, viviendas y oficinas de hospital, así como una huerta de recreo.