En 1649 se aprobó la fundación de una cofradía bajo la advocación de San José, solicitada por el capitán Antonio Maldonado. La cofradía de San José se conformó por los gremios de carpinteros y calafates. El 30 de diciembre se autorizó la apertura del colegio de San José, dirigido por la orden jesuita. José de Santillán y su esposa fueron los primeros fundadores. Durante algún tiempo, los jesuitas compartieron la posesión de la ermita con la cofradía de carpinteros, hasta que el obispo Juan Gómez de la Parada decidió trasladar la cofradía de San José a la parroquia y en la ermita, los jesuitas se dedicaron a enseñar a leer y escribir.