Lo que hoy es la sala principal del museo fue la sacristía del templo de “El Jesús” durante la época virreinal. El primer espacio está techado con una bóveda de cañón corrida, y las anchas paredes que la soportan son de mampostería (ladrillo de piedra); sus dimensiones le dan un carácter monumental, adornado con cuatro finas nervaduras. La sala de exposiciones del piso superior, techada con una bóveda vaída (media esfera recortada por cuatro lados en ángulo recto), fue el “confesionario rojo”, esto es, el lugar donde los sacerdotes jesuitas se confesaban. El espacio de las obras de Gamboa Guzmán, donde hay una hermosa escalera barroca, más la parte superior del edificio, donde se encuentran la muestra “Los mayas de bronce”, y la sala de presidentes de México y gobernadores de Yucatán del siglo XIX, formaron también parte de la Universidad de San Francisco Javier.