La edificación de este inmueble religioso comenzó en 1562 y terminó el 1 de enero de 1597. Los maestros fueron Pedro de Aulestia y Francisco Alarcón, a partir de 1585, Jesús Miguel de Agüero la terminó. La planta de la iglesia es rectangular con tres naves formadas por 12 columnas altas y gruesas de cantería. La cúpula fue la primera construída en la Nueva España.