La cédula del 10 de octubre de 1671 concedió licencia a la recién fundada Congregación de clérigos seculares de Nuestra Señora de Guadalupe para construir un templo dedicado a la Guadalupana. La imagen fue donada por el hospital de San Hipólito en la Ciudad de México. El primero de junio de 1675 se colocó la primera piedra, se concluyeron las obras fue dedicada el 12 de mayo de 1680. El terreno fue donado por el Juan Caballero de Medina, quien también dedicó de su capital para la construcción del templo, junto con sus dos hijos Nicolás y Juan; éste último lo decoró con un retablo mayor, obra del arquitecto de la obra, José de Bayas Delgado.