En el siglo XVIII, el Ayuntamiento compró un terreno que era propiedad de María Jimena, indígena queretana, para la construcción de las Casas Reales y de Cabildo, la cual se concluyó con 1770. Este inmueble ha sido testigo de los inicios de la Independencia, pues el 13 de septiembre de 1810, la corregidora Josefa Ortíz de Domínguez fue recluida y desde ahí mandó avisar del peligro al cura de Dolores, don Miguel Hidalgo y Costilla. Tras la Independencia, en 1821 el edificio fue destinado como Palacio de Gobierno del Estado. En 1856, su archivo fue saqueado por las tropas de Tomás Mejía. En 1868, las Oficinas Gubernamentales del Estado fueron trasladadas al edificio que hasta hoy ocupan, en la actual esquina de Madero y Ocampo, y el edificio de la Plaza Mayor fue destinado para Palacio Municipal cuando José María Iglesias instaló su gobierno en 1876.