El 21 de marzo de 1878 comenzaron las obras de construcción para el Ferrocarril Queretano, el cual uniría la ciudad con San Juan del Río; sin embargo, no se finalizaron las obras y en 1880 se fusionó con el Ferrocarril Central. En noviembre de 1903 se inauguró oficialmente la estación del Ferrocarril Nacional Mexicano.