El 29 de agosto de 1535 se puso la primera piedra de esta iglesia. En un principio se construyó con tres naves, sin bóvedas, y estaba dedicado a a Purísima y Limpísima Concepción de la Sacratísima Virgen María El reloj fue construido de 1553 a 1559. Desde 1618 hasta 1640 cesó la obra, estando construida únicamente la tercera parte. Se concluyó la edificación gracias al interés del obispo Juan de Palafox y Mendoza y fue consagrado el 18 de abril de 1649 sin torres y fachada inconclusa.