La construcción de este inmueble empezó en 1708 con el patrocinio del obispo García Felipe Legaspi. Fue donada a la provincia de Franciscanos Descalzos de México en 1747. En 1748 fue donado a la provincia de San Diego de Alcalá, también de los Franciscanos Descalzos, por lo que se cambió de nombre a "San Diego". Entre 1769 y 1777, Tomás Huerta agregó a la nave un crucero y presbiterio, por lo que la planta quedó en forma de cruz latina.