En todos sus componentes —cuevas, abrigos rocosos, lugares abiertos, la cuenca, planicies y las zonas bajas de bosque caducifolio—, Yagul constituye uno de los mejores y más completos ejemplos de paisaje cultural, el cual mantiene muestras de formas de vida original desde los primeros grupos humanos que poblaron la región. 

En Yagul se reconoce la universalidad del conjunto de valores naturales del paisaje, así como su estrecha relación con los grupos humanos de cazadores-recolectores que habitaron esta región desde hace unos doce mil años, siendo actualmente un testimonio de la forma de vida que dio paso a las altas culturas mesoamericanas, gracias a la sedentarización de los primeros pobladores de México.

Paisaje natural de Yagul: Parte del gran paisaje que conforma esta zona se debe a la conservación de la selva baja caducifolia, integrada por una gran variedad de plantas útiles endémicas, que han hecho posible la presencia humana y su interacción con el medio ambiente, reflejando su balance ecológico.

El Candelabro: Los terrenos escarpados de la zona han permitido una excepcional conservación de la selva, en donde la vegetación es baja y densa; así, animales y plantas del ecosistema están destinadas a lidiar con su adaptación. La vegetación en este lugar ofrece un particular espectáculo a lo largo del año.

Meseta del Caballito Blanco: En toda la zona, y particularmente en esta parte, el paisaje se asienta sobre una serie de formaciones rocosas de origen volcánico.

En total se registraron alrededor de 60 cuevas y abrigos rocosos, y su estudio se caracterizó por la descripción cultural de bandas nómadas de cazadores-recolectores, que ocupaban campamentos estacionales y refugios temporales en las cuevas, mismas que constituyen el depósito arqueológico del área.

Cañada de las Águilas: En este sitio existen evidencias muy tempranas de ocupación humana. Entre los restos hallados de las primeras especies domesticadas, de acuerdo con las exploraciones de Flannery, están la calabaza, el maíz, el guaje y los chiles. También se encontraron restos de otro tipo de plantas no domesticadas, como el piñón, la cebolla silvestre, el maguey, el guaje, los frijoles, el nanche, los nopales y las moras, lo que sugiere que los habitantes de este lugar estaban involucrados en prácticas proto agrícolas, tanto con plantas estacionales como con las que posteriormente serían domesticadas. Ello es muestra de un proceso de evolución e interdependencia entre estas especies y el hombre.

Peña de los Buitres: Debido a la escasa perturbación del ser humano, distintas especies de fauna silvestre han hecho de este paisaje su hogar. Un ejemplo es la golondrina risquera, que viaja miles de kilómetros para tener su descendencia en este lugar.

Cuevas de Yagul: La presencia de pinturas rupestres en las salientes rocosas, así como las herramientas primitivas encontradas en varias cuevas, sugieren una ocupación relacionada con el hombre durante la etapa de cazador-recolector.

Cueva de la Paloma: Entre 80 resguardos rocosos hay aproximadamente 40 cuevas-habitación registradas hasta el momento en el sitio, de las cuales destacan la de la Paloma y Rockshelter, en la que han encontrado evidencias de transición del nomadismo al sedentarismo.