Las fortificaciones marítimas reservaban generalmente un espacio para dedicarlo al culto. Esas capillas, al igual que las iglesias, eran ofrecidas a diversas figuras celestiales.

La capilla del Fuerte de San Diego tuvo como patrona y protectora a la Virgen de la Purísima Concepción, nombre con el que también se designó uno de los baluartes exteriores del edificio. Es importante resaltar que la Corona de España intentaba propagar la fe católica en todas sus posesiones, pues cada empresa militar también era de evangelización.

En esta sala se intenta reproducir el aspecto y los objetos que componían la capilla a inicios del siglo XIX, casi al final de la etapa virreinal. La distribución recuerda la forma en que se colocaba los objetos rituales dentro de este espacio sagrado.