En la primera sala del museo además de conocer cómo era antiguamente la selva que rodeaba a la ciudad, se presentan algunas de las características de la población; su físico, enfermedades que sufrían, alimentación, el papel de la mujer  en la sociedad, conocimientos matemáticos, religión y arquitectura. El trato especial que recibían los individuos con enanismo, quienes fueron representados en pequeñas figurillas de arcilla y que se pueden observar expuestas en el museo. Comalcalco fue un asentamiento contemporáneo de otros sitios importantes como Palenque, sur de Veracruz y centro de México.