La Biblioteca Francisco de Burgoa se encuentra ubicada dentro del Ex Convento, fue creada el 15 de enero de 1994 y toma su nombre en honor de Fray Francisco de Burgoa, quien recogió un sinnúmero de referencias de los usos y costumbres de los indios de Oaxaca. El acervo pertenece a la Universidad Autónoma Benito Juárez de Oaxaca, y alberga cerca de 30,000 volúmenes editados entre 1472 y 1940, la mayor parte perteneciente a las diferentes órdenes religiosas oaxaqueñas que fueron incautadas por el gobierno juarista a raíz de las Leyes de Reforma.